分析病毒

分析病毒

艾默里大學生物學副教授Katia Koelle說，SARS-CoV-2病毒變種的出現在對抗CO-VID-19的斗爭中增加了曲折，表明需要對該病毒進行更好的基因組監測。

Koelle說：“改進的跨州SARS-CoV-2基因組監測確實將幫助我們更好地了解引起大流行的病毒在美國的發展和傳播。”“需要更多的聯邦資金，以及用于樣本收集和基因測序的集中標準。研究人員需要訪問此類元數據，以便更好地跟蹤病毒在地理上的傳播方式，并確定可能難以控制的任何新變種，以便衛生官員可以更快，更有效地做出反應。”

Koelle研究了病毒進化與病毒傳染病流行病學傳播之間的相互作用。她是《觀點》文章的高級作者，該文章剛剛發表在《科學》雜志上，有關SARS-CoV-2測序對控制CO-VID-19大流行的重要性。

邁克爾·馬丁(Michael Martin)是埃默里(Emory)的人口，生物學和生態計劃的博士研究生，也是科勒(Koelle)實驗室的成員，是《科學》雜志的第-一作者。大衛·范因斯伯格(David VanInsberghe)是科勒實驗室的博士后研究員，是該書的合著者。

馬丁說：“對SARS-CoV-2的研究一直以迅雷不及掩耳的速度進行。”“這種加速為我們提供了迄今為止-快的針對疾病的大數據集之一。到目前為止，我們已經學到了很多關于這種病毒如何傳播和適應的知識，但是我們仍然有很多盲點需要解決。”

基因組是生物體的遺傳物質。人類基因組由雙鏈DNA組成，以四個不同的核苷酸堿基字母編碼。一個人類基因組由超過30億個堿基對組成。相反，包括SARS-CoV-2在內的冠狀病毒的基因組是由RNA組成的，RNA的結構比DNA更簡單。例如，SARS-CoV-2基因組由一條只有30,000個字母長的RNA鏈組成。排序是一種可以讀取這些字母的技術。

本文總結了有關SARS-CoV-2的關鍵見解，這些見解已通過從各個患者樣品中對其基因組進行測序而獲得。它還列舉了仍然存在的挑戰，包括將元數據收集和整合到遺傳分析中，以及需要開發更有效和可擴展的計算方法以應用于成千上萬的基因組的需求。